LIMprep protocol (Quartz-Seq)

Single-cell Quartz-SeqがGenome Biology誌にアクセプト・公開されました。

非常に感度が高く再現性に優れた1細胞RNA-Seq法です。
1細胞で、近い分化状態の差は非常にクリアーに分けることができるのは当然ですが、細胞周期の差や遺伝子発現のバラつきを網羅的に捉えることができる初めての例ではないでしょうか？

方法としては、微量なpoly-A RNAから増幅するWTA: Whole Transcript Amplificationのステップと増幅されたcDNAをシーケンスライブラリにするLIMprepからなります。

LIMprepは微量な二本鎖DNAから高感度にシーケンスライブラリ作製する方法で以前紹介したとおりです。

詳しいLIMprepのアプリケーションノートはリンクを見てください。

LIMprepは以前からご連絡を頂いたユーザーさんに使っていただいていましたが、論文が通ったということで、オープンにしました。

もしLIMprepを使ってもらったら、Single-cell Quartz-Seqの論文を引いてもらえると嬉しいです。

LIMprepをクリックするとpdfファイルをダウンロード出来ます。

WTAパートは後日アップします。


(For non-Japanese user)
Our manuscript (Single-cell Quartz-Seq) has been accepted and released in Genome Biology.

Single-cell Quartz-Seq approach successfully detected gene expression heterogeneity even between cells of the same cell type and at the same cell-cycle phase. We also showed that single-cell Quartz-Seq is able to more easily discriminate between different cell types and/or between different cell-cycle phases. Therefore, single-cell Quartz-Seq is a useful method for the comprehensive identification and quantitative assessment of cellular heterogeneity.

Quartz-Seq is composed of two steps. One is the Quartz WTA: whole-transcript amplification. Second is sequence library preparation, named LIMprep.

You can download the LIMprep protocol. 

We are preparing the ready-to-use protocol of Quartz WTA.