CLCを用いたde novo assemly

自分のmac book proでde novo assemlyできる限界はPE171 10-20M readsくらいか。それ以上はメモリが厳しい。リードが少なくても発現量が高い遺伝子はde novo RNA-seqで十分取ってくることができる模様。degenerate PCRなどの方法でホモログ取るよりはるかに簡単で早いし、ほぼfull length。もちろんRNA量あたりの遺伝子発現量によるのでしょうね。