(Q&A) DNase I treatment for RNA purification

2回くらい訊かれたのでココに記載しておきます。

Q: RNA-seq用に使用するtotal RNAだが、column精製による抽出時にDNase I処理した方がいいか。

A: 処理をお薦めします。よいcolumn精製だと殆ど入ってきませんが、qPCRなど高感度なアプリケーションには2度DNase I処理する場合もあります。また難しいサンプル1細胞あたりのtotal RNAが少ないものでは、相対的にgenomic DNAがおおくなり、genomic DNAの比率が高くなる危険性が有る。1細胞あたりのtotal RNAを計算しようとする場合だと、オーバーエスティメートしてしまいます。難しいサンプルのはずなのに、total RNAが多いとミスリードして1細胞RNA-seqが失敗する可能性もあります。bulk poly-A RNA-seqですと、そもそもoligo-dT beadsでキャプチャーするので原理的に除かれてしまうとおもいますが、高感度なアプリケーションではあるので、やっておいたほうが無難だと思います。