日本ジェネティクス社96 well Magnetic plateの使い方

日本ジェネティクス社から売られている96 well magnetic plateですが、結構良く出来ているのですが若干クセがあります。BiTでの現状の使い方をまとめてみました。完璧無欠にするのは難しいですね。

CLCを用いたde novo assemly

自分のmac book proでde novo assemlyできる限界はPE171 10-20M readsくらいか。それ以上はメモリが厳しい。リードが少なくても発現量が高い遺伝子はde novo RNA-seqで十分取ってくることができる模様。degenerate PCRなどの方法でホモログ取るよりはるかに簡単で早いし、ほぼfull length。もちろんRNA量あたりの遺伝子発現量によるのでしょうね。

微量サンプル用の96 well magnetic plate

これまでに、日本ジェネティクスの角川さんと一緒に、8連用で微量サンプル可能なマグネットスタンドを開発した経緯があり、該当物は既に購入可能となってます。

一方で、96 well用の手動で微量サンプル可能なものはありませんでした。
日本ジェネティクスの角川さんと開発進め、
今回、96 well PCR plate用の磁気プレートが完成しました。

5 ulのボリュームで精製可能。
Full skirted PCR plate, non-skirted PCR plateともに対応。

外観はこんな感じ。アルミの光沢が綺麗。

プレートを装着するとこんな感じ

Eppendort, 0.2 ml non-skirted

Eppendort, 0.1 ml non-skirted

Eppendort, 0.1 ml skirted

BioRad, 0.1 ml skirted

底面からの観察。
強力なネオジウム磁石が、チューブ側面にピッタリ配置するように設計。
底面から数mmでかつ側面に磁気ビーズを保持することができるように設計。

non-skirted PCR plateを使った場合でも、

黒いイモネジによってXY軸のブレを防止。

側面のネジを緩めることで、磁石のついた棒を外し洗浄することが可能。

5ul, 10ul, 15ulの磁気ビーズをくっつけた場合。
溶液を吸っても磁気ビーズは全く動かない。

完成。

購入も可能になったようです。以下情報まで。

製品名：NGS　MagnaStand96（YS－Model）　
型番：＃FG-SSMAG96
会社：日本ジェネティクス

所属ラボでの人材募集

所属するバイオインフォマティクス研究開発ユニットでテクニカルスタッフさんの募集を開始しました。以下が詳細です。募集人数は、実験系と解析系で各1名です。

http://www.riken.jp/careers/researchers/20140520/
http://www.riken.jp/careers/researchers/20140520_2/

Quartzのことを書いてますが、それ以外にもいろいろ技術作ってます。
最先端の技術を習得したり、面白いデータに触れる機会が多いとおもいます。
ほんとこんな時期ですが、募集があればこれ幸いですね。

ラボは男子率というか
（この歳だとおっさん率か）
が高いです。

所属長もTwitterで書いてますけど、
子育てしながらラボに参加している人が多いです。自分もそうです。
なので子育てしながら働くうえでの心配はないかとおもいます。

人がベストなパフォーマンスを発揮するのは
気持よく働けている時だと思います。

ご縁があれば、各人に最適な働き方で
ラボに参加してもらえるといいですね。

人材は唯一無二だなぁ。

1細胞関連の科研費

1細胞関連増えましたかね？

CREST、さきがけもでてますしね。

http://kaken.nii.ac.jp/p?q=%E4%B8%80%E7%B4%B0%E8%83%9E

http://kaken.nii.ac.jp/p?q=%E5%8D%98%E7%B4%B0%E8%83%9E

http://kaken.nii.ac.jp/p?q=1%E7%B4%B0%E8%83%9E

ことしから以下の課題を進めようと思います。

1細胞マルチオミックス技術の開発

Quartz-Seq protocol文章訂正と追記

Quartz-Seqのプロトコルに一部誤字があったので訂正しました。
またよく質問を受けるPCRプライマーの修飾の種類とメーカー情報に関して追記しました。
訂正版は、これまでと同じく所属ラボRIKEN ACCC BiTからダウンロードできます。
http://bit.accc.riken.jp/protocols/

• Whole-transcript amplification for single-cell Quartz-Seq (PDF)
• Whole-transcript amplification for cell-population Quartz-Seq (Cell Direct Version)
• Whole-transcript amplification for cell-population Quartz-Seq (Purified RNA Version)

追記部分以下の通り。
<PCR primer information>
I used NH2(C6) amination as 5' modification for suppression PCR primer. The amination block the ligation between WTA adaptor and Y-shaped sequence adaptor. Aminated oligo (from some maker) became small size ladder DNA in PCR step. Non-aminated oligo never become ladder DNA. The ladder DNA may affect sequence reads. I don't know the mechanism of ladder DNA synthesis from aminated oligo DNA. On the other hand, Sigma Aldrich oligo and Takara-clontech oligo become few amount of ladder DNA. Therefore, we recommend Sigma Aldrich oligo or Takara-clontech. If you use Nextera system or Nextera XT system for Illumina sequence library preparation using amplified cDNA, you do not need 5' amination for suppression PCR primer.

Tagging primerとPCR primerをまちがって使っちゃった人いたらごめんなさい。